Afin d'associer étroitement tous les acteurs de l'hôpital à sa gestion, les projets délibérés en Conseil de surveillance sont soumis régulièrement, pour avis, aux instances représentant le personnel médical et non médical.

Le Conseil de surveillance est une instance du CHU, présidé par le Maire d'Angers. Il définit la politique générale de l'établissement et délibère sur le Projet d'établissement, le compte financier, le rapport annuel d'activité, etc.

Le Directoire conseille le directeur général dans la gestion et la conduite du CHU. Il prépare le Projet d'établissement et se concerte avec le directeur général sur un certain nombre de points tels le bilan social, l'EPRD (Etat Prévisionnel des Recettes et des Dépenses), la politique de qualité, l'organisation interne en pôles... Il est composé de 5 membres de droit et de 4 membres nommés (2 parmi le personnel médical et pharmaceutique et 2 parmi le personnel non médical). Le Directoire est présidé par le directeur général.

Les membres de la CME sont élus par des collèges représentatifs de l'ensemble des statuts et disciplines médicales. Cette instance est à la fois consultative et délibérative. Elle donne un avis sur les projets de délibération du Conseil de surveillance, prépare le projet médical, organise les activités médicales. Elle dispose également de compétences spécifiques dans les domaines de la formation continue et de l'évaluation des pratiques professionnelles.

Le CTE est l'organe de représentation des personnels non médicaux. Il est obligatoirement consulté sur toutes les décisions ayant une incidence sur le fonctionnement et l'organisation de l'établissement. Il donne un avis, ou il est informé, sur le Projet d'établissement, la transformation des structures médicales, le budget, le tableau des effectifs, le bilan social et la politique de formation.

Le CHSCT est une instance pluridisciplinaire qui a vocation à contribuer à la protection de la santé et de la sécurité des professionnels du CHU, ainsi qu'à l'amélioration des conditions de travail.

Composée de représentants des différentes catégories de personnel soignant, cette commission donne un avis sur l'organisation générale des soins infirmiers, de rééducation et médico-techniques, ainsi que sur la recherche et l'évaluation en soins, la politique de formation et le Projet d'établissement.

Elles permettent d'associer les représentants de l'administration et ceux du personnel à la gestion des intérêts professionnels des agents.
Elles formulent des avis sur toutes les questions d'ordre individuel relatives au déroulement de carrière des agents titulaires et stagiaires (titularisation, avancement d'échelon et de grade, demande de détachement ou de disponibilité, révisions de note et d'appréciation, ...).

Cette commission a vocation à traiter les demandes et réclamations non contentieuses qui concernent les activités médicales et soignantes.

Le CLUD définit au sein de l'établissement une politique cohérente en matière de prise en charge de la douleur et des soins palliatifs, et veille à la promotion et à la mise en œuvre des actions dans ce domaine. Il travaille en collaboration avec le comité du médicament et des dispositifs médicaux stériles (COMEDIMS).

Le CLIN est chargé d'organiser la prévention des infections nosocomiales, par des missions d'information, d'organisation, de coordination et de surveillance continue.

Le CLAN a vocation à participer par ses avis ou propositions à l'amélioration de la prise en charge nutritionnelle des malades et à la qualité de l'ensemble de la prestation alimentation-nutrition.

La COMEDIMS a pour double mission de participer à la définition de la politique du médicament et des dispositifs médicaux stériles de l'établissement, et de lutter contre les affections iatrogènes dues aux médicaments ou aux dispositifs médicaux.